Đại Học Cần Thơ được thành lập năm 1966 với tên gọi là Viện Đại Học Cần Thơ, trực thuộc Bộ Giáo dục và Thanh niên, và hai năm sau, 1968, Trường Cao Đẳng Nông nghiệp Cần Thơ mới được thành lập. Cơ sở ban đầu đặt tại khu I, đường Mạc Tử Sanh (nay là 30 Tháng 4) gần Đài Phát Thanh, trên khuôn viên bốn mặt tiền của Cư xá khu I và Trung Tâm Ngoại Ngữ hiện nay. Giảng viên hầu hết tốt nghiệp kỹ sư (KS) Súc khoa từ Trường Cao đẳng Nông-Lâm-Súc (NLS) Sài Gòn, tiền thân của Đại Học Nông Lâm thành phố Hồ Chí Minh. Giám đốc (hiệu trưởng) đầu tiên của trường là kỹ sư Phan Lương Báu, người thứ hai là tiến sĩ Nguyễn Viết Trương tốt nghiệp ở Đại Học Queensland, Úc (với Phụ tá GĐ Nguyễn Phi Long, Dr Phil, Anh quốc).

Khởi đầu, nhà trường chỉ đào tạo một ngành bậc đại học là nông nghiệp và cấp bằng kỹ sư Canh nông. Thời ấy, các khoa tự tổ chức tuyển sinh và Nông nghiệp bao giờ cũng tuyển sinh và nhập học sớm hơn các khoa khác. Điều đặc biệt của Nông nghiệp Cần Thơ là sinh viên nhập học sớm và phải trãi qua một Tháng-Nhập-Môn. Sinh viên mới vào trường kết nghĩa với đàn anh năm thứ ba và tháng nhập môn của năm thứ nhất do sinh viên năm thứ ba hướng dẫn. Sinh viên mới thực hành đủ mọi công việc của một nông dân chính hiệu, từ làm cỏ, cuốc đất, lên liếp, bón phân, trồng rau cho đến nhổ cỏ cấy lúa và hốt phân, quét chuồng, tắm heo.v.v… Các đàn anh năm thứ ba vừa làm vừa hò hét như giám thị quản tù binh, thậm chí sỉ vả đàn em chậm chạp. Sau một tháng “huấn nhục”, nếu công tử, tiểu thơ nào không kham nỗi hay không thích công việc nông nghiệp thì có thể giả từ và chuyển sang học ngành khác. Cuối năm thứ ba sinh viên phải làm một tiểu luận và cuối năm thứ tư làm luận trình tốt nghiệp. Luận trình tốt nghiệp là công trình định hướng chuyên môn của kỹ sư sau này. Sinh viên có thể chọn hướng nghiên cứu là cây trồng, vật nuôi, thủy nông hay cơ khí, thú y hoặc bảo vệ thực vật v.v… Với cách đào tạo có thể gọi là khắc nghiệt như vậy cho nên kỹ sư nông nghiệp Cần Thơ có kỹ năng chuyên môn khá tốt, tính độc lập cao trong công việc và mặc dù được xem là được “đẻ ra” từ Nông nghiệp Sài Gòn nhưng kỹ sư của Canh nông (và Nông nghiệp sau đó) Cần Thơ mới ra trường được nhà nước thời đó xếp bậc lương (470) cao hơn kỹ sư tốt nghiệp từ Nông nghiệp Sài Gòn (430).

Năm 1974, Trường Cao đẳng được nâng cấp thành Khoa Nông nghiệp và giáo sư Nguyễn Viết Trương, Phó Viện Trưởng Viện Đại Học Cần Thơ kiêm tiếp tục làm Khoa trưởng. Cũng năm này lớp Súc khoa đầu tiên (K6) gồm 17 sinh viên được tuyển chọn từ các sinh viên năm thứ nhất Nông khoa. Thời ấy, súc khoa giảng dạy các môn khoa học liên quan đến động vật và sinh viên học cả động vật cạn và động vật thủy sinh. Ban Súc khoa lúc bấy giờ đặt tại khu I, nơi mà hiện nay là nhà trẻ đến tận dãy nhà 16 trong khu tập thể cán bộ.

Cơ sở ban đầu bao gồm một phòng thí nghiệm dinh dưỡng gia súc, một phòng thí nghiệm ngư nghiệp, một bịnh xá thú y và các trại chăn nuôi qui mô nhỏ chăn nuôi heo, bò, trâu, gà, vịt và thỏ phục vụ cho việc thực tập, thí nghiệm. Trưởng bộ môn đầu tiên là thầy Nguyễn Đức Thành (KS NLS), tiếp đến là quý thầy Nguyễn Thượng Chánh (KS NLS, DVM ĐH Chulalongkorn, Thái Lan) dạy Cơ thể học, Châu Văn Dũng (KS NLS, Dr Phil Anh quốc) dạy Chăn nuôi gia cầm, Võ Ái Quấc (KS NLS, M.Sc., Los Baños, Philippines) dạy Dinh dưỡng gia súc. Châu Bá Lộc (KS NLS, DVM, Chulalongkorn) dạy Sinh lý động vật. Ban giảng huấn còn có Phạm Ngọc Hiệp (Ph D Philippines) dạy Di truyền động vật, Trần Thị Túy Hoa (KS Ngư nghiệp NLS) và Trần Thị Thu Hương (BSc Thủy sản, New Zealand) dạy Ngư nghiệp và thực tập sinh lý gia súc, Võ Ngọc Kiệm, Trần Lam Huyến, Vũ Ngọc Ruẫn. Đầu ngành vẫn là giáo sư Nguyễn Viết Trương, tiến sĩ Thổ nhưỡng chuyên ngành Đồng cỏ, làm quản lý nhiều hơn đi dạy. Đặc biệt là thầy Trần Minh Tâm (KS NLS) dạy Gieo tinh nhân tạo hay hết biết. Tại bộ môn có cả Dr Tanaka, một chuyên gia Nhật ở làm việc.

Khóa đầu tiên ít người, các thầy “chăm sóc” kỹ và lớp Súc khoa K6 học rất vui. Phòng học được trang bị cả tủ lạnh cho sinh viên uống nước. Mổ gà, vịt xong là thầy trò nấu cháo xử luôn. Học kỳ nào cũng đi dã ngoại, tham quan, thực tập ngoài trường. Heo đẻ thì cả lớp bu vô đở đẻ. Thầy làm nghiên cứu thì lôi cả lớp tham gia. Chưa đầy năm, tháng ba năm 1975, chiến tranh ác liệt. Sài gòn đối diện nguy cơ thất thủ, nhà trường kết thúc học kỳ sớm và cho sinh viên nghỉ hè. Thầy Trương, thầy Hiệp bay đi nước ngoài. Ông Tanaka bay về nước.

Miền Nam được giải phóng. Đại Học Cần Thơ được bàn giao cho Chính quyền Cách mạng tổ chức lại. Viện Đại Học Cần Thơ được đổi tên thành Trường Đại Học Cần Thơ, trực thuộc Bộ Đại Học và Trung học chuyên nghiệp, sau này nhập chung với Bộ Giáo dục thành Bộ Giáo dục và Đào tạo. Nhiều ngành bị giải tán nhưng Nông nghiệp thì phát triển nhanh chóng. Thầy Nguyễn Văn Nhương, tiến sĩ chăn nuôi từ Ru-ma-ni về làm trưởng bộ môn, miền Bắc chi viện thêm nhiều cán bộ khác tốt nghiệp Đại học Nông nghiệp I Hà Nội như các thầy Phạm Thanh Nhàn, Phạm Hữu Tam, Đỗ Trung Giả, Nguyễn Dương Bảo, Nguyễn Văn Dương, Lê Huy Kim, các cô Trần thị Hồng Minh, Ngô Thị Hợp và cả những người tốt nghiệp ở nước ngoài như cô Lã Thị Thu Minh (Hungary), thầy Trần Tinh Huy (Ukraina). Ngành học Súc khoa được đổi tên thành Chăn nuôi-Thú y, sinh viên các ngành khác chuyển sang học đông hơn. Lớp SK.K6 được đổi lại thành lớp Chăn nuôi chuyển tiếp 1 (CN.CT1) và nhận thêm 5 sinh viên chuyển trường từ Đại Học Hòa Hảo (An Giang), 1 SV từ Đại Học Nông nghiệp 2 Hà Bắc, 1 người bỏ học, tổng số sinh viên lớp còn lại 22 người. Súc Khoa K7 nhận thêm nhiều sinh viên từ các ngành khác và đổi tên thành CN.CT2 với 120 SV được chia thành 2 lớp. Ngành Chăn nuôi-Thú Y phát triển rất nhanh, các khóa tuyển sinh sau giải phóng được ký hiệu lại từ đầu.

Chưa đầy 10 năm sau giải phóng ngành chăn nuôi-thú y Đại Học Cần Thơ chuyển mình và phát triển nhanh chóng. Từ một bộ môn trong khoa Nông nghiệp, chuyển sang khoa Chăn nuôi-Thủy sản-Chế biến, rồi khoa Chăn nuôi-Thủy sản và đến năm 1978 chính thức thành lập khoa Chăn Nuôi -Thú Y. Ông Nguyễn Kim Quang (Tư Quang), phó hiệu trưởng kiêm nhiệm trưởng khoa, các cơ sở từ khu I được dời về khu II, trên khuôn viên của khoa Công nghệ và khoa Thủy sản ngày nay. Đó là thời kỳ phát triển về lượng của ngành chăn nuôi-thú y. Khoa có 5 bộ môn và nhiều cơ sở thực nghiệm: xưởng thức ăn, trại heo, trại gà, trại trâu-bò, trại vịt, trại ngổng, phòng ấp trứng, đồng cỏ. Cuối năm thì thầy Tạ An Bình, thực tập sinh về từ Liên bang Nam Tư, cán bộ của Viện Chăn nuôi về đảm nhiệm chức vụ trưởng khoa. Một sự đột phá và cải tổ bắt đầu. Bảy kỹ sư tốt nghiệp từ lớp CN.CT1 được giữ lại khoa vào tháng 11 năm 1978. Năm 1979, tăng cường thêm 15 kỹ sư từ lớp CN.CT2, kết thúc việc xin tăng cường cán bộ từ miền Bắc và giảm dần việc mời giảng từ các viện, trường ở thành phố Hồ Chí Minh.

Việc nghiên cứu và giảng dạy thay đổi dần và hình thành một phong cách mới, “phong cách Cần Thơ”. Sinh viên thực tập tại các cơ sở theo kiểu cùng ăn-cùng ở-cùng làm, thầy trò nghiên cứu gắn liền với sản xuất hàng hóa. Thịt, sữa, trứng bán hàng ngày cho cán bộ, nhân viên và người chăn nuôi. Bây giờ, hàng hóa dư thừa thì chuyện đại học bán thịt sữa là bình thường, nhưng cái thời mà gạo, thịt bán theo tem phiếu, sữa chỉ bán cho trẻ con mất sữa mẹ thì công việc ấy quả là một kỳ công. Tỉnh yêu cầu thì thầy trò lùi lịch học đi tiêm phòng, đi chống dịch bệnh, kể cả chống rầy nâu. Chân đất lội đồng, lội ruộng, bữa đói, bữa no mà vui, mà học được nhiều điều. Tốt nghiệp xong là sẵn sàng đeo ba lô đi cải tạo nông nghiệp, quy hoạch, đi huyện, làm kỹ thuật trại, làm khuyến nông. Nhiều đại gia, quan chức ngày nay được đào tạo trong thời gian ấy.

Năm 1993, năm đánh dấu một bước đột phá lớn của Đại học Cần Thơ là nhà trường được Bộ trao quyết định cho phép đào tạo bậc thạc sĩ nông nghiệp đầu tiên ở Việt Nam với 3 chuyên ngành: Trồng trọt, Chăn nuôi và Thú Y, ngành Chăn nuôi-Thú y Cần Thơ có 2 chuyên ngành đào tạo thạc sĩ. Ba năm sau (1998) ngành nhận thêm quyết định đào tạo tiến sĩ chuyên ngành chăn nuôi.

Năm 1996, để tiếp nhận cơ sở vật chất từ nguồn viện trợ của JICA, Nhật Bản Khoa Nông nghiệp được tái lập trên cơ sở của các khoa lúc này là khoa Trồng Trọt, Chăn nuôi-Thú Y, Công nghệ Thực phẩm và Thủy sản. Khoa Chăn nuôi-Thú y tập hợp lại thành hai bộ môn Chăn nuôi ( từ các bộ môn Giống-Kỹ thuật nuôi, Cơ thể-Sinh lý, Dinh Dưỡng-Thức ăn và Trại Chăn nuôi Thực nghiệm), trưởng bộ môn là TS.Võ Văn Sơn và bộ môn Thú Y (từ bộ môn Vi trùng-Bệnh Truyền Nhiễm, Bệnh Ký sinh-Nội Khoa và Thú y cơ sở) với trưởng bộ môn là PGS. TS. Châu Bá Lộc.

Năm 2003 Khoa Nông nghiệp trở thành Khoa Nông Nghiệp và Sinh học Ứng dụng, bộ phận Thủy Sản tách khỏi Khoa Nông Nghiệp hình thành khoa Thủy Sản, hai bộ môn mới được hình thành là Sinh lý sinh hóa và Di truyền Giống Nông Nghiệp (có 3 cán bộ Bộ môn Chăn nuôi được biệt phái qua bộ môn này) Năm 2013, hai cán bộ Bộ môn Di truyền Giống Nông Nghiệp trở lại bộ môn Chăn nuôi và một trở lại bộ môn Thú y Năm 2005 chuyên ngành Công nghệ giống vật nuôi được phép mở để đào tạo kỹ sư chăn nuôi chuyên ngành Công nghệ giống vật nuôi. Năm 2011 bộ môn Thú y được phép tuyển sinh chuyên ngành Dược Thú Y trong ngành Thú Y.

Hiện nay ngành Chăn nuôi – Thú y được phép đào tạo 4 chuyên ngành: Chăn nuôi Thú y, Công nghệ giống vật nuôi (ngành Chăn nuôi), Thú y, Dược thú y (ngành Thú Y) Bên cạnh đào tạo hệ chính qui, từ năm 1980 ngành Chăn nuôi Thú y bắt đầu đào tạo hệ tại chức cho các Trường liên tỉnh Cửu Long-Đồng Tháp; Hậu Giang-Minh Hải và An giang-Kiên Giang. Sau này là các Trung tâm Tại chức hay các Trường Cao đẳng Cộng Đồng của các tỉnh. Năm 1993 Trường Đại học Cần thơ tuyển sinh khóa cao học chăn nuôi thú y đầu tiên đến năm 2014 đã tuyển sinh đến khóa 21. Năm 1994 tách hai ngành cao học chăn nuôi và thú y.

Năm 1998 tuyển sinh khóa nghiên cứu sinh tiến sĩ đầu tiên ngành chăn nuôi. Năm 2013 ngành Thú y được phép tuyển nghiên cứu sinh tiến sĩ. Hơn 40 năm qua ngành Chăn nuôi – Thú y Đại học Cần Thơ đã đào tạo hơn 5000 kỹ sư, gần 500 thạc sĩ và 7 tiến sĩ.